Canto Chico es parte de la historia de las barriadas que se crean en la ciudad en los años 60, el antecedente de Canto Chico es una barriada que existió en las cercanías al centro de Lima denominada Cantagallo, que estuvo localizada en los alrededores del actual Mercado de flores cercano a la plaza de Acho. Este poblado sufrió un proceso de traslado durante la década del 60. Muchas de sus familias fueron reubicados en Caja de Agua y Chacarilla de Otero. Los que no pudieron obtener un cupo fueron a Canto Chico. Este proceso de reubicación se dio en el primer gobierno de Fernando Belaúnde Terry, a través de la Junta Nacional de Vivienda. Sobre la fundación de Canto Chico hay diversas controversias pues sus mismos vecinos dan viarias versiones. Fue fundado, in situ, el 30 de mayo de 1966, aunque no existen referencias directas sobre este hecho, debido a que los libros de actas fueron robados o extraviados y no existe un registro fotográfico o sonoro sobre el acto de fundación.

Wilmer Mejia Carrión